『任那日本府』についてのかつての定説は現在では動揺しており、新たな進展を求めつつ現在も論争中です。

旧説では、『任那日本府』は近代の『朝鮮総督府』とオーバーラップして理解され、大和朝廷の植民地たる任那地方を支配する出先機関であると説かれてきた。しかし現在では、そのような『任那日本府』は虚像として否定されたと言える。

そもそも『任那日本府』が謎と言われる根底には、それを記す日本側史書と朝鮮史書の間の著しい食い違いがある。
例えば『任那日本府』という言葉からして『日本書紀』にしか採録されていない。朝鮮古代史の基本文献である『三国史記』『三国遺事』には任那日本府という言葉が存在しないだけでなく、大和朝廷が朝鮮南部に長期に渡って政治的影響を与えたとする『日本書紀』の記述を裏付ける証拠はむろんのこと、その痕跡を見つけ出すこともかなり困難である。にも関わらず、かつての皇国史観では、『韓史、虚妄なり』と朝鮮史書を一蹴してきた事実がある。

当然のことながら、朝鮮史書を重視する韓国・北朝鮮の研究では日本列島の政治的影響が朝鮮半島に及んだとする学説は一顧だにされないのが実状である。

初めに韓国・北朝鮮の代表的学説を述べる。『分国論』という学説によると、日本書紀に記された任那とは、日本列島に存在した任那系渡来人による殖民国すなわち任那本国の分国であり、任那日本府はそれを統括するために大和朝廷が設けた機関だとする。又、任那は巨済島を指すとの見解もある。このように、韓国・北朝鮮では任那日本府を朝鮮半島を舞台とした歴史とは切り離して考えようとする。

一方、最近の日本における研究では、【植民地支配の出先機関】とする旧説こそ斥けられるものの、当時の日本列島の政治的勢力が朝鮮半島南部の政治動向に何らかの関与をしたとの視点はなお継承されており、朝鮮における研究とは今なお大きな相違点がある。

では、日本における研究での任那日本府とは如何なるものか？本来、任那とは現在の韓国釜山市付近を本拠とした国の名称である。朝鮮史料では任那加羅・任那加良或いは金官国と呼び、又は単に伽倻ということもあったが、任那と略称する使用例はない。一方、日本書紀は、この国を任那・金官・南加羅などと呼ぶ。ところが厄介なことに日本書紀が記す任那とは必ずしも任那本国を指すとは限らず、他に①加羅（伽耶・伽倻）地域全体の地理的名称、②加羅地域に存在した小国群の総称、③任那日本府などを意味する場合がある。

任那日本府についての記載があるのは、欽明天皇の時代である530～540年代を中心にして6世紀前半全体に渡る。例外として5世紀中頃、雄略天皇の時代に『日本府行軍元帥』なる用例があるが、史料として信頼できないので無視してよい。

日本府という表記は6世紀当時のものではなく、後代、倭から日本へと国号が改められた後に加筆修正されたと思われ、本来は、倭府とでも書いてあったのだろう。
現在最古の『日本書紀』の注釈書である『釈日本記』は、任那日本府を任那之倭宰と注釈している。つまり、日本府とは、倭宰（ヤマトノミコトモチ）の意味というのが、平安・鎌倉時代の解釈だったのである。（『ミコトモチ』とは『御言持』の意であり、天皇の使者を指す）

この釈日本記の注釈を勘案しつつ、『日本書紀』を注意深く読めば、『在安羅諸倭臣』とあるのが注目される。つまり、日本府の実体とは、倭の使者そのもの或いはその集団であって、なんらかの権力機構・機関を想像するのは妥当とは言えないのである。

ところで、これらの諸倭臣が530年頃から安羅（慶尚道威安）に駐在したとの確証はあるが、任那加羅を含め安羅以外にいた証拠はない。従って厳密には、『任那日本府』と呼ぶのは正確ではない。

要するに、任那日本府の実像は、安羅に駐在する『諸倭臣』が大和朝廷と連絡をとりつつ、任那諸国の代表と外交上の問題を協議し、時には百済王とも連絡している、ということなのである。

ところが、『日本書紀』には、『任那官家』『弥移居』（ミヤケ）などと記す例もあり、任那諸国があたかも大和朝廷が国内に設置した屯倉（ミヤケ）と同一であるかのように思わせたのである。これらは、日本書紀編纂時の朝鮮観の産物である。